Embora tenha sido a primeira ultra low cost da Argentina, a Flybondi ainda não possui nenhum programa de pontos ou milhas para seus clientes. Ou seja, você não poderá acumular ao viajar com a companhia. No entanto, a empresa possui um clube de benefícios, o ClubFlybondi. Através dele, o cliente tem acesso a pré-venda de trechos, descontos exclusivos de passagens, e promoções em primeira mão.

Para se tornar um membro do clube de benefícios o cliente pode selecionar a opção no ato da compra da passagem aérea. Ou seja, é necessário optar pela tarifa ClubFlybondi, pagando uma taxa adicional. Assim que selecionar a tarifa especial, passará para a etapa de cadastro para fazer a filiação. Lembrando que a associação é anual, ou seja, o valor pago tem validade durante um ano. Após esse período é necessário pagar novamente.

Sim, com a Flybondi você pode realizar o check-in de forma online com 48 horas de antecedência para voos nacionais, ou até no máximo 4 horas antes do embarque. Para voos internacionais, esse processo não está disponível. Dessa forma, o passageiro embarcando para voos internacionais com a Flybondi deve comparecer ao guichê da companhia com pelo menos 1 hora de antecedência para fazer o check-in sem custo adicional.